El Órgano de Control Institucional, representada por la Oficina de Control Institucional, se constituye en la unidad especializada responsable de llevar a cabo el Control Gubernamental en la Entidad de conformidad con la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República. Actualmente se encuentra a cargo de personal designado por el Gobierno Regional de Ucayali Edwing Edy Mendoza Vélez de Villa. Su actuación comprende todas las actividades y acciones en los campos administrativo, presupuestal, operativo, financiero y al personal que presta servicios en ellas, con la finalidad de promover la correcta y transparente utilización y gestión de los recursos y bienes del Estado, el desarrollo honesto y probo de las funciones y actos de las autoridades, funcionarios y servidores públicos.